Segundo o pesquisador Thiago Inácio, em sua obra "Lagoa Alegre: a história recontada", o município tem origem na antiga Fazenda Alagôa Alegre, no termo de União, Piauí. A referida fazenda tem como sede uma casa-grande, soerguida no provável ano de 1866, pelo latifundiário Quintino Gonçalves Pereira.

Com o transcorrer do tempo e o processo de ocupação do território, a propriedade passou ao status de povoado, condição na qual permaneceu até o dia 29 de abril de 1992, quando Lagoa Alegre desmembrou-se de União, através da Lei Estadual 4.477, após um longo movimento pela emancipação, também de caráter popular, iniciado em 1989 pelo vereador Francisco Vaz da Costa (Di) e seu primo Osael Borges Leal, além de um seleto grupo de insurgentes. O distrito sede foi instalado no dia 1º de janeiro de 1993, com a posse solene do prefeito, vice-prefeito e vereadores.